Table 3 Within-host fragment diversity and rarity for the individual hens and farms

Jönköping farm (n = 56)

Hen 1

10

0.1890

—

Hen 2

10

0.1785

—

Hen 3

9

0.1883

—

Hen 4

10

0.2093

—

Hen 5

9

0.2309

—

Hen 6

8

0.1807

—

Denmark farm (n = 18)

Hen 1

2

0.2749

—

Hen 2

2

0.2166

—

Hen 3

2

0.1836

—

Hen 4

2

0.2772

—

Hen 5

2

0.2521

—

Hen 6

2

0.2488

—

Hen 7

2

0.3838

—

Hen 8

2

0.1845

—

Hen 9

2

0.3251

—

All farms (n = 99)

Blekinge

9

0.1417

0.8355

Halland

10

0.0941

0.4622 *

Jönköping

10

0.1305

0.7763

Kalmar 1

10

0.1137

0.5806

Kalmar 2

10

0.1103

0.5922

Skåne

10

0.1347

0.8564

Stockholm

10

0.1181

1.0465

Östergötland 1

10

0.1323

0.9142

Östergötland 2

10

0.1374

0.7990

Denmark

10

0.1533

1.1201