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Table 2 The number of I. scapularis individuals of the different mt 16S rRNA gene haplotypes (HT), and the variable positions in the aligned DNA sequences

From: Genetic variation in the mitochondrial 16S ribosomal RNA gene of Ixodes scapularis (Acari: Ixodidae)

HT n N* Alignment position:
         1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3
    5 6 6 8 9 0 0 0 0 1 5 6 7 7 7 7 7 8 8 8 8 8 9 0 0 0 1 2 3 3 3 3 3 5 6 6 9 0 3 6 6 7
    7 0 1 8 0 3 4 5 9 2 1 4 3 4 6 7 8 0 1 2 3 4 3 4 5 9 6 2 2 4 6 7 8 8 2 3 6 5 3 4 5 3
Is–1 282 45 A A A A A - - T T T A G T A A A T T A A G T A G C A G G - G T A T G T T A G C G G G
Is–2 25 11 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–3 1 1 . . . . . - - . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–4 44 18 . . . . . - - . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–5 3 3 . . . . . - - . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . - . . . . A . . . . . . . .
Is–6 14 10 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–7 33 9 . . . T . - - . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–8 3 2 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - A . . . . . . . . . . . .
Is–9 11 8 . . . . G - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–10 2 2 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–12 2 2 . . . . . - - - . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–13 24 17 . . . . . - - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–14 3 3 . . . . . - T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–15 27 11 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . A . . . . . . . .
Is–17 1 1 . . . . . - T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . A . . . . . . . .
Is–20 5 5 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–21 1 1 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - A A . . . . . . . . . . .
Is–23 2 2 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . C . . . . . . . . .
Is–24 2 2 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–30 2 2 . . . T . - - . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–48 2 2 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . - . . . . . . . . . . A A .
Is–49 1 1 . . . T . - - . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . A
Is–50 3 3 . . . . . - - . . . . . . . T . . . T . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–51 4 3 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . C . . . . . .
Is–52 4 4 . . . . . - - . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–53 2 2 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . G . . . . . . . . . .
Is–54 3 3 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . C . . . . . . .
Is–55 9 5 . . . . . - - . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–56 2 2 . . G . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–57 6 4 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–58 1 1 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . A . . . .
Is–59 2 1 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . T . . . . .
Is–60 2 1 . . . . . - - . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–61 1 1 . . . T . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–62 4 4 G . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–63 20 12 . . . . . - T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–64 1 1 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . A . . . . . . . . . . .
Is–65 1 1 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A - . . . . . . . . . . . . .
Is–66 1 1 . . . . . - - . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–67 1 1 . . . . . - - . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–68 1 1 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . A . . . . T . . .
Is–69 3 1 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
Is–70 2 2 . . . . . - - . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . G . . . . .
Is–71 1 1 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–72 2 2 . . . . . - - . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–73 2 2 . . . . . - - - . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–74 6 6 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–75 1 1 . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–76 3 3 . T . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–77 2 2 . . . T . - - - . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
Is–78 1 1 . . . . . - - . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . - . . . . . . . . . . . . .
Is–79 1 1 . . . T . - T . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . - . . . . . . . . . . . . .
  1. A dot (.) at an alignment position indicates the same nucleotide as in the sequence of haplotype Is-1, while a dash (−) represents a deletion.
  2. Abbreviation: n = number of individuals with same SSCP profile, N* = number of amplicons sequenced.