Skip to main content

Table 2 The number of I. scapularis individuals of the different mt 16S rRNA gene haplotypes (HT), and the variable positions in the aligned DNA sequences

From: Genetic variation in the mitochondrial 16S ribosomal RNA gene of Ixodes scapularis (Acari: Ixodidae)

HT

n

N*

Alignment position:

        

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

2

2

2

2

2

2

2

2

2

2

2

2

2

2

3

3

3

3

3

   

5

6

6

8

9

0

0

0

0

1

5

6

7

7

7

7

7

8

8

8

8

8

9

0

0

0

1

2

3

3

3

3

3

5

6

6

9

0

3

6

6

7

   

7

0

1

8

0

3

4

5

9

2

1

4

3

4

6

7

8

0

1

2

3

4

3

4

5

9

6

2

2

4

6

7

8

8

2

3

6

5

3

4

5

3

Is–1

282

45

A

A

A

A

A

-

-

T

T

T

A

G

T

A

A

A

T

T

A

A

G

T

A

G

C

A

G

G

-

G

T

A

T

G

T

T

A

G

C

G

G

G

Is–2

25

11

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–3

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–4

44

18

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–5

3

3

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–6

14

10

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–7

33

9

.

.

.

T

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–8

3

2

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

A

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–9

11

8

.

.

.

.

G

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–10

2

2

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

G

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–12

2

2

.

.

.

.

.

-

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–13

24

17

.

.

.

.

.

-

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–14

3

3

.

.

.

.

.

-

T

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–15

27

11

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–17

1

1

.

.

.

.

.

-

T

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–20

5

5

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–21

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

A

A

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–23

2

2

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

C

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–24

2

2

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–30

2

2

.

.

.

T

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–48

2

2

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

A

.

Is–49

1

1

.

.

.

T

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

Is–50

3

3

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–51

4

3

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

C

.

.

.

.

.

.

Is–52

4

4

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

G

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–53

2

2

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

G

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–54

3

3

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

C

.

.

.

.

.

.

.

Is–55

9

5

.

.

.

.

.

-

-

.

C

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–56

2

2

.

.

G

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–57

6

4

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

C

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–58

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

Is–59

2

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

Is–60

2

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–61

1

1

.

.

.

T

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–62

4

4

G

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–63

20

12

.

.

.

.

.

-

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–64

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

A

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–65

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–66

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–67

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

C

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–68

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

A

.

.

.

.

T

.

.

.

Is–69

3

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–70

2

2

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

.

.

Is–71

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–72

2

2

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

G

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–73

2

2

.

.

.

.

.

-

-

-

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–74

6

6

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

A

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–75

1

1

.

.

.

.

.

T

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–76

3

3

.

T

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–77

2

2

.

.

.

T

.

-

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–78

1

1

.

.

.

.

.

-

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

C

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

Is–79

1

1

.

.

.

T

.

-

T

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

.

.

-

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

  1. A dot (.) at an alignment position indicates the same nucleotide as in the sequence of haplotype Is-1, while a dash (−) represents a deletion.
  2. Abbreviation: n = number of individuals with same SSCP profile, N* = number of amplicons sequenced.
Back to article page

Parasites & Vectors

ISSN: 1756-3305

Contact us