Table 1 Primer and probe sequences used in the assay

EM MGF/fishF

Capture probe target and PCR assay target sequence, cloned into pEX-A vector

AAG AAT TTT TAT TTT CAA AGT CGT AGG TAT ATT GGT TTG TTG GGC GTT TTT TTG TTA ATA ATT TTG GTT ATT ATA TAT TCT TTT ATT TAT GGT AGA TAT TAT AGT GTT AGT TAT AAT AGT GTG CTG CTC ATA AGA GTT TTT GTG TGT TAC ATT GAT AGG AAT ATT GTT GTA ATA TGG TAT TGT TTA GGA CTT AAT AG

Ecanad426bp

12 s segment of Echinococcus canadensis (G10 genotype) cloned into pCR2.1 vector

GCT GAT TTG TTG AAG TTA GTA ATT AAG TTT AAG AAT TTT TAT TTC CAG AGC CGT AGG TAT GTT GGT TTA TTT GGT GTT TTG TTG TTG ATA GTT TTG GTT GTG GTG TAT TCG TTT ATT TAT GGT AGA TAT TAT AGA GTT AGT TAT AGT AGG CTT TCT GTG TTA TGA TTT TTA GCT GCT TCT AGA ATT TCT AGG TAT TCT TTG TTG TGT GCT GGT TGG GGT AGC TAT AAT AGT TAT TCT TTT TTA AGG TCG GTT CGA TGT GCT TTT GGA TCT GTT AGG TTT GAA GCT TGT TTT ATG TGT GTG GTT ATT TTT TGC GCT TTA TGT TGT TGT GGG TAT AAT TTA ATT GAT TTT TAT CAT AGT TAT TGG TGA AGT TGA TTA TTA TTC CCA TTA ATT TAT GGG TTA TTC TTG GTG TGT GTG TTG TGT GAG ACT

EmFishF

ND1 capture probe

Biotin TEG-AAGAATTTTTATTTTCAAAGTCGTAGGTATATTGGTTTGTTGGGYGTTTTTTTGTTAATAATTTTGGTTATTATATATTCTTTTATTTATGGTAGATATTATAGTGTTAGTTATAATAGT

EmMGB_F

12 s Forward primer

GTGCTGCTYATAAGAGTTTTTG

EmMGB_R

12 s Reverse primer

CTATTAAGTCCTAAACAATACCATA

EmMGB_P

12 s MGB-probe

VIC-ACAACAATATTCCTATCAATGT-MGB