Table 4 RMSD values of the important domains of Asaia sp. RNase III in comparison to the Aquifex aeolicus RNase III

Signature motif

Amino acid

E

R

L

E

F

I

G

D

R

L

Position

57

58

59

60

61

62

63

64

65

66

RSMD

0.322 Å

0.296 Å

0.166 Å

0.276 Å

0.420 Å

0.297 Å

0.325 Å

0.260 Å

0.118 Å

0.136 Å

RBM 1

Amino acid

P

K

T

T

L

Q

E

F

V

L

Position

173

174

175

176

177

178

179

180

181

182

RSMD

0.292 Å

0.133 Å

0.262 Å

0.194 Å

0.174 Å

0.204 Å

0.200 Å

0.060 Å

0.204 Å

0.155 Å

Amino acid

A

R

G

Position

183

184

185

RSMD

0.200 Å

0.269 Å

0.700 Å

RBM 2

Amino acid

G

P

S

H

A

E

G

A

L

G

Position

198

199

200

201

202

84

85

86

87

88

RSMD

0.376 Å

0.526 Å

0.273 Å

0.532 Å

0.545 Å

0.151 Å

0.263 Å

0.163 Å

0.245 Å

0.151 Å

RBM 3

Amino acid

E

G

A

L

G

Position

84

85

86

87

88

RSMD

0.151 Å

0.263 Å

0.163 Å

0.245 Å

0.151 Å

RBM 4

Amino acid

A

L

H

I

A

E

H

E

E

Q

Position

112

113

114

115

116

117

118

119

120

121

RSMD

0.293 Å

0.373 Å

0.468 Å

0.823 Å

0.519 Å

0.528 Å

0.736 Å

0.636 Å

2.201 Å

–

Amino acid

A

G

I

R

S

L

A

Position

122

123

124

125

126

127

128

RMSD

–

–

–

–

–

1.678 Å

0.528 Å