Table 1 Primers and PCR cycle conditions used for the molecular characterization of pathogens and hippoboscid flies (Diptera: Hippoboscidae) collected from domestic and wild ruminants in Austria
Organism | Target gene | Primers | Sequence (5'–3') | Length (bp) | PCR cycle conditions | References |
|---|---|---|---|---|---|---|
Anaplasmataceae | 16S rRNA | EHR16SD_for | GGT ACC YAC AGA AGA AGT CC | 345 | 95 °C/2 min; 35 cycles: 94 °C/1 min, 54 °C/30 s, 72 °C/30 s; 72 °C/5 min | [40] |
EHR16SR_rev | TAG CAC TCA TCG TTT ACA GC | Â | ||||
Borrelia | 16S rRNA | Borr_allg_for | ACG CTG GCA GTG CGT CTT AA | 674 | 94 °C/2 min; 6 cycles: 94 °C/1 min, 45 °C/1.5 min, 72 °C/75 s; 36 cycles: 94 °C/1 min, 51 °C/1.5 min, 72 °C/75 s); 72 °C/5 min | [39] |
Borr_allg_rev | CTG ATA TCA ACA GAT TCC ACC C | Â | ||||
Bartonella | gltA | BhCs.781p | GGG GAC CAG CTC ATG GTG G | 379 | 94 °C/5 min; 40 cycles: 94 °C/1 min, 54 °C/1 min, 72 °C/1 min; 72 °C/10 min | [38] |
BhCs.1137n | AAT GCA AAA AGA ACA GTA AAC A | Â | ||||
Filarioidea | COI | COlint-F | TGA TTG GTG GTT TTG GTA A | 668 | 94 °C/2 min; 8 cycles: 94 °C/45 s, 51 °C/45 s, 72 °C/1.5 min; 25 cycles: 94 °C/45 s, 45 °C/45 s, 72 °C/1.5 min; 72 °C/7 min | [42] |
COlint-R | ATA AGT ACG AGT ATC AAT ATC | Â | ||||
Trypanosomatida | 18S rRNA | Tryp_18S_F1 (Nest 1) | GTGGACTGCCATGGCGTTGA | 960 | 94 °C/5 min; 35 cycles: 94 °C/1 min, 56 °C/1 min, 72 °C/1 min; 72 °C/5 min (Nest 1) | This study |
Tryp_18S_R1 (Nest 1) | CAGCTTGGATCTCGTCCGTTGA | Â | ||||
Tryp_18S_F2 (Nest 2) | CGATGAGGCAGCGAAAAGAAATAGAG |  | 94 °C/5 min; 25 cycles: 94 °C/1 min, 56 °C/1 min, 72 °C/1 min; 72 °C/5 min (Nest 2) |  | ||
Tryp_18S_R2 (Nest 2) | GACTGTAACCTCAAAGCTTTCGCG | Â | ||||
Piroplasmida | 18S rRNA | BTH-1F (Nest 1) | CCT GAG AAA CGG CTA CCA CAT CT | 561 | 94 °C/2 min; 40 cycles: 95 °C/30 s, 68 °C/1 min, 72 °C/1 min; 72 °C/10 min (Nest 1) | [41] |
BTH-1R (Nest 1) | TTG CGA CCA TAC TCC CCC CA | Â | ||||
G-2_for (Nest 2) | GTC TTG TAA TTG GAA TGA TGG |  | 94 °C/2 min; 40 cycles: 95 °C/30 s, 60 °C/1 min, 72 °C/1 min; 72 °C/10 min (Nest 2) |  | ||
G-2_rev (Nest 2) | CCA AAG ACT TTG ATT TCT CTC | Â | ||||
Lepidoptera | COI | LepF1 | ATT CAA CCA ATC ATA AA | 648 | 94 °C/2 min; 6 cycles: 94 °C/1 min, 45 °C/1.5 min, 72 °C/75 s; 36 cycles: 94 °C/1 min, 51 °C/1.5 min, 72 °C/75 s); 72 °C/5 min | [37] |
LepR1 | TAA ACT TCT GGA TGT CAA AAA | Â |